為了維持檢察官辦案品質，並改善每年再議二度發回案件的現象，司法改革國是會議延續第一波改革方案，將再議案件反覆發回之現狀提出改革，未來同一案件只能再議2次，以免訟累，希望能減輕當事人與檢察官負擔，並節省司法資源。

事實上，現有再議制度有其維持偵查品質之效能，有維持之必要，因此改革措施著重在再議次數限制為2次，如果第2次在一二審檢察官可以維持不起訴處分，告訴人若不滿，可以聲請法院交付審判，二審檢察官自行做偵查，命令一審檢察官起訴，以釐清責任，並改善案件一再反覆發回續查之情形。

另外，在人事民主化改革的部分，則是維持檢察官之中立性與客觀性，避免政治力以人事操控司法個案疑慮，並健全檢察人事體質，同時引進外部參與和內部民主機制，以排除操控之質疑。因此，法務部未來將釋出部長圈選升遷一、二審主任檢察官的權利，改由基層檢察官票選後，再由部長從中提名給檢審會決定。而部長決定一、二審檢察長人選前，要聽取專家意見；而檢察長若對檢察官會議有不同意見，要用書面提出，避免政治干預司法。

部長邱太三表示，為落實檢察長責任以及檢察指揮權的陽光化，將修訂《法官法》第91條第3項規定，節制檢察長的裁量權，明定於檢察長對該署檢察官會議之決議有意見時，應以交檢察官會議復議方式變更之，並親自到場說明；對復議結果若仍有意見，再以書面載明具體理由附於檢察官會議紀錄後，始得變更之。「這次的改革不須送立法院修法，只要修訂內部辦案規則及人事法規即可推動」。【記者 陳亦真整理報導】