肆、納稅者權利保護法宜明定稽徵機關依實質課稅原則調整課稅所得時，應先「報經財政部核准」，並得作有利於納稅義務人的調整，至於不利益的調整，應限於有規避租稅或其他意圖減少應納稅款之情形。
一、「報經財政部核准」不是裁量規定
納稅者權利保護法第7條第6項與修正前稅捐稽徵法第12條之1第6項雖均有規定實質課稅調整原則，但均未進一步規定調整時應踐行如何的正當程序，殊為可惜。現行法對於稽徵機關依實質課稅原則調整人民的納稅義務，規定有「報經財政部核准」（或賦稅主管機關）之正當行政程序者，僅有所得稅法第14條之3、第43條之1、所得基本稅額條例第15條之1、金融控股公司法第50條及企業併購法第47條（104年7月8日修正公布前為第42條），易言之，僅有所得稅（包括所得基本稅額）之調整有較嚴謹的正當行政程序可資遵循，其他種類的稅捐（稅目）則付諸闕如，任憑各地稽徵機關自行裁量。而所謂「得報經財政部核准，予以調整」，本質上係基於稅捐法定主義，由法律授予稽徵機關對於租稅規避行為按營業常規或實際交易事實予以調整之權限，故「得報經」是授權規定，不是法律效果的裁量規定。只要關係企業相互間有關收益、成本、費用與損益之攤計，有以不合營業常規之安排，或個人、營利事業或機關團體相互間有藉資金、股權之移轉或其他虛偽之安排，規避或減少納稅義務之情事，稽徵機關即享有按營業常規或實際交易事實予以調整的權限，且基於其稽徵職責，必須加以調整，惟此權限之行使，應先報經財政部核准，始得為之。
二、宜於納保法明文規定實質課稅調整均應先報經財政部核准
蓋何種安排不合營業常規或係屬虛偽，調整範圍如何，宜有統一標準，以符公平原則，不應任由稽徵機關各自為政，法律乃規定踐行「報經財政部核准予以調整」之程序；且所得額之調增，攸關人民納稅義務之加重，並涉及人民財產權之限制，除有實體法之依據外，程序上更應力求審慎，如果解為稽徵機關於調整所得額前，得任意選擇是否報經財政部核准，即使法律盡失其特別規定此項報准程序之意義，此稽諸仿照所得稅法第43條之1之立法例而具有相同程序要件之同法第66條之8（86年12月30日增訂公布）於立法院委員會討論時，財政部賦稅署署長備詢之回答：「……所得稅法第43條之1，即有對關係企業防範規避租稅的安排。而本條文亦是一種防範規避的規定，……必須報請財政部核准才能進行調整。另一方面則是要有明確的證據方能作『不當』或『其他虛偽安排』的認定……我們的調查範圍必須是以財政部核准者為限。」等語自明（參見立法院公報第86卷第51期委員會紀錄），故所謂「報經財政部核准」乃必要程序，非得由稽徵機關任意裁量[1]。最高行政法院判決採此見解者，計有103年度判字第630號、第339號；102年度判字第392號、第393號；101年度判字第235號、第898號；96年度判字第1369號等，然認為並非強制規定，稽徵機關仍有裁量是否報財政部核准之餘地者，有103年度判字第244號、第295號、第608號；102年度判字第629號、第662號、663號、第794號；100年度判字1725號等。本人退休前雖曾兩度提案送請庭長法官聯席會議討論，並提出研究報告，但歷經104年12月份、107年3月份兩次聯席會議，均因故未能針對此爭議加以討論，迄今仍存歧異見解[2]，實有必要於納稅者權利保護法統一明確規定稽徵機關依實質課稅原則調整課稅所得時，均應先「報經財政部核准」，始得為之，以杜爭議。
三、宜於納保法明文規定實質課稅亦適用於有利納稅義務人之調整實質課稅原則的適用應一以貫之，不能因以形式法律關係課稅有利財政，即依形式；以實質經濟關係課稅有利財政，即依實質。故依實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬與享有情形所應繳納的稅捐，比起按照形式法律關係有利納稅義務人時，稽徵機關亦得依職權或依納稅義務人之申請作有利納稅義務人的調整。此亦有於納稅者權利保護法明確規定之必要，以貫徹其立法目的。
四、宜於納保法明文規定應尊重私法自治，不得任意調整課稅
無論原稅捐稽徵法第12條之1或納稅者權利保護法7條有關實質課稅原則之規定，其立法目的均在實現量能課稅與課稅公平原則，則在既存稅捐稽徵關係(現有秩序狀態)並無規避或其他意圖減少納稅義務的情形下，即不應任意假借實質課稅原則予以調整課稅。尤其各種稅捐既係以人民私法上之經濟事實或活動為徵收對象，除非有明顯規避稅捐或其他意圖減少應納稅 款之情事，否則，基於私法自治原則，稅法之涵攝、定性與適用，即應儘量尊重契約當事人已有之約定，稽徵機關不應任意介入為不利之調整，允宜於納稅者權利保護法明文加以限制，以杜絕實質課稅原則之濫用。
伍、結語
「刑罰與稅賦是國家給予人民的兩大痛苦，為人權把關的大法官，既不該支持深文周納入人於罪，也不該支持深文周納橫徵苛斂。」（大法官許玉秀，司法院釋字第660號解釋不同意見書）、「稅政宜寬勿苛，以示稅政權力之謙抑…苛政主要顯現於刑罰與苛捐繁稅方面。」（大法官陳新民，司法院釋字第700號解釋不同意見書）尤其是稅捐債務之發生不以故意、過失為必要，刑罰或許可以因注意而避免，稅負卻如影隨形，無所逃避。而人民雖有依法律納稅之義務（憲法第19條），但人民的財產基本權仍應加以保障（憲法第15條），故國家的任務就在追求及維持兩者的平衡。因此除立法者應精準、恰到好處制定租稅法律，避免不合理或過度的稅負侵害人民的基本權利，並賦予人民充分有效的救濟途徑外，諺云「正人行邪法，法邪亦正；邪人行正法，法正亦邪」，如何避免為了財政目的而任意增加法律所無限制，或曲解法律的適用，並應基於「確保納稅者權利」而限縮惡法的涵攝範圍、擴張良法的適用層面，謹慎適用實質課稅原則，使其對人民基本權利的侵害降低到最小限度，更是執法者必須念茲在茲的信念。
[1] 並請參考翁岳生編，行政法（上），2006年10月3版，206頁；林光炫著，正當法律程序之研究－以稅法規定「報經財政部核准」為中心，德明學報第37卷第1期，26至27頁；黃源浩著，所得稅法第43條之1不是裁量規定：評最高行政法院102年度判字第662號判決，12至13頁。
[2] 本人曾於最高行政法院102年度判字第392號、103年度判字第630號判決就「依實質課稅原則，而以行為時（103年4月9日修正前）營利事業所得稅查核準則第99條第1款及第2款有關直接投資之規範，調整（剔除）間接投資之投資損失，是否有所得稅法第43條之1規定之適用？如有適用，事先報經財政部核准，是否為必要程序？」之爭議，採肯定說之見解，因別庭102年度判字第629號、103年度判字第295號判決持不同見解(並認為所得稅法第43條之1是裁量規定)，而被訴諸庭長法官聯席會議討論，本人除提出研究意見外，並曾建議修正原設題，使其完整呈現上開爭議的核心問題，可惜未獲採納，反因某人之倡議，而被與會者多數表決硬將原設題變更為無不同見解的內容，而作成104年12月份第1次聯席會議決議，刻意迴避上開爭議的核心問題。其次，本人於105年度判字第412號判決就「稽徵機關剔除營利事業藉由形式上的併購所認列的商譽攤折數，而調增其課稅所得額，是否有行為時（104年7月8日修正公布前）企業併購法第42條第1項第2款規定『報經賦稅主管機關核准』程序之適用？」採肯定說之見解，然而後來別庭作成的105年度判字第528號判決，未經提案由庭長法官聯席會議討論，逕採否定說見解，當事人不服提起再審之訴，輪分由本人受理，只得連同手中類似案件提出法律問題「稽徵機關認為B公司藉由形式之安排收購A公司之股權，使具有母子公司關係後，再予吸收合併，實質上被收購的A公司並未消滅，原經營股東只是於重新調整股權架構後繼續對收購公司（即B公司）擁有控制能力，A公司縱有商譽亦不會移轉至B公司，因而剔除B公司申報的商譽攤折數，調增其課稅所得額時，是否有行為時（104年7月8日修正公布前）企業併購法第42條第1項第2款規定『報經賦稅主管機關核准』程序之適用？」送請庭長法官聯席會議討論，經107年3月份第1次聯席會議決議採否定說，即直接限縮須適用該報准程序的前提要件的涵攝範圍，將本件情形排除在其要件文義之外，使稽徵機關無庸「報經賦稅主管機關核准」，即可恣意調增納稅義務人之課稅所得額。誠感遺憾。