鑑定書當然要力求呈現事實真相，因主觀因素或其他人為因素，鑑定書仍有可能因而做出虛假報告，讓人因而曲解事實，江國慶案依事後調查資料顯示，當時法醫室在2001年9月30日驗屍完成，但鑑定報告竟然是引用之後10月7日自白書的結果，疑似是法醫驗屍完之後為了配合錯誤自白書所做的出的假驗屍報告，也因此讓軍方認定江國慶犯案，造成江國慶冤死。

因此當事人若對鑑定報告有疑慮，法院自應另尋求其他方的鑑定，以判斷鑑定資料真偽，且能否建構出事實真相，不能只有一方之詞，當兩份鑑定報告出現不一致時，則更應尋求第三份的鑑定報告，才能力求真正發現真實。但我國法院因結案效率的考量，對當事人提出另為調查的請求，常是以「不必要」為由就駁回，讓當事人連調查的機會都沒有啊！

我國現行的法律，僅賦予法官與檢察官有權可以選任鑑定人，而且所選鑑定人皆以公家機關為主，導致常有公正性及中立性的疑慮。前述法醫研究所的孫姓法醫，就曾被多人以偽證罪提告過，顯見其鑑定的品質常引起民眾質疑，但卻因為是公職的法醫鑑定書而成為法院判決的重要根據，國內雖然也有一些民間鑑定機構，但因法院長期習慣，還是喜歡直接指定公機關為鑑定人，即或鑑定報告與民間鑑定機構內容有所出入，還是會選擇相信公機關所出具的鑑定報告。但由上述兩案可知，公機關的鑑定報告不一定是對的，再由江國慶案可了解，公家鑑定書更易受公務行政的牽扯干擾，反而有時離事實真相更遠。

近日法務部擬將法醫研究所直接升格為國家司法科學研究院，引發學者憂心，若將原本的法醫鑑定範圍，再擴大包含了刑事鑑識，等於所有犯罪相關的科學鑑識都將被「國家司法科學研究院」獨占了，而且再將「國家司法科學研究院」設於法務部轄下，等同受制於法務部管理，近年行政權伸入司法領域甚深，犯罪證據的鑑識是所有判決的關鍵線索，若將執掌該權責的「國家司法科學研究院」納於行政部門下，恐怕未來可能難以維持犯罪鑑識的獨立與公正性。

學者多數主張應該將司法科學研究院變成第三方公正獨立單位，鑑定書可由民間或公家鑑定單位出具，而司法科學研究院要負責的則是犯罪科學鑑定方法強化與研究，而非目前規劃的最終司法鑑定權，否則將不利於真實的發現，攸關到的是每一個百姓都可能遇到的司法與公平正義問題。

政府常利用制定法律來剝奪人民的權利，以利於行政權容易操控司法與人民，所以人民必須覺醒，勇於表達自己的聲音，利用輿論的壓力，阻止「司法科學研究院」這個非常攸關全民訴訟權的重大行政機關改制謬誤，司法科學研究院為公正獨立第三方，以真正維護公平正義。