按行政程序法第36條明定，行政機關應依職權調查證據，不受當事人主張之拘束，對當事人有利及不利事項一律注意，是為所謂職權調查主義。惟行政機關既為行政程序當事人之一方，又須維持其中立性，本條之規定可謂是寄予厚望矣。準此，臺北高等行政法院89年訴字第2761號判決明確揭示：「違法事實應依證據認定之，無證據自不得以擬制推測之方法，推定其違法事實，此為行政程序及司法訴訟適用之共通法則。故行政機關本應依職權調查證據以證明違法事實之存在，始能據以對人民作成負擔處分，亦即行政機關對於人民違法事實之存在負有舉證責任，人民本無須證明自己無違法事實，雖然其依法有接受調查或提出自己所持有與調查事項相關之文件資料之義務（稅捐稽徵法第30條、第46條參照），但違反者，僅得依法科處罰鍰，尚不能以其未提出對自己有利之資料，即推定其違法事實存在。」高雄高等行政法院89年度訴字第672 號判決亦稱：「行政機關就該管行政程序，應於當事人有利及不利之情形，一律注意，以保障人民權益，始符行政行為之正當性與合法性。又，認違規事實所憑之證據，如經受處分人提出反證，而該項反證，與系爭之待證事實有關者，自應予查明。否則，如未經查明之前，率予處分，即有採證違背證據法則之違法。」故主管機關應依職權調查證據以證明違法事實之存在，雖檢察官起訴書有形式上之證據力，惟實質上證據力仍應由斟酌調查證據之結果認定，不得僅以檢察官起訴書，作為認定違法事實之唯一依據（參見臺北高等行政法院99年度訴字第2413號判決）。尤有進者，最高行政法院92年度判字第939號及95年度判字第645號判決即因此指出「再則行政訴訟雖非不得依自由心證以檢察官起訴書或刑事判決之事實，為判斷之基礎，惟應就其斟酌該起訴書或刑事判決認定事實之結果，所得心證之理由，記明於判決理由，否則即有判決不備理由之違法。

又，「行政機關為處分或其他行政行為，應斟酌全部陳述與調查事實及證據之結果，依論理及經驗法則判斷事實之真偽，並將其決定及理由告知當事人」為行政程序法第43條明定。而行政訴訟法規定第189 條第1 項亦規定，行政法院係依論理及證據法則判斷事實真偽，且關於證據之評價，仍以證據能力與證明力作為評斷基礎，尚非以自由心證逕為一切證據能力及證明力之判斷。按行政訴訟法於87年10月28日增訂第189 條第1 項，取代修正前按同法第32條準用民事訴訟法第222 條第1 項規定，「法院為判決時，應斟酌全辯論意旨及調查證據結果，依自由心證判斷事實之真偽。」其立法理由載明：「判斷事實真偽所依據全辯論意旨及調查證據之結果，包括辯論之重要內容、證據能力之有無、證明力之強弱以及證據之取捨等，因而得心證之理由，應記明於判決，以杜臆測或率斷之弊。」是以，行政機關及行政法院為事實真偽之判斷，自須按證據能力與證明力作為證據取捨之基礎。故行政訴訟法第189 條與民事訴訟法第222 條明文規定法院判決時採自由心證主義之情形不同，而是直接規定行政法院應依論理及經驗法則判斷。」且條文規定「依論理及經驗法則判斷事實之真偽」，「所謂論理法則，係指行政法院判斷時不能違反邏輯，恣意跳躍推理或自相矛盾；所謂經驗法則係指行政法院判斷時應受一般社會經驗、生活經驗之拘束，舉凡過份悖離常情者，應在更明確的證據支持下，方得採認。」足見立法者增訂上開條文，意在明確規範行政法院關於訴訟爭議事實之判斷，當以論理法則與經驗法則為基礎。

按民事訴訟法第277 條前段規定：「當事人主張有利於自己之事實者，就其事實有舉證之責任。」行政訴訟法第136 條規定：「除本法有規定者外，民事訴訟法第277 條之規定於本節準用之。」其立法理由謂：「行政訴訟之種類增多，其舉證責任自應視其訴訟種類是否與公益有關而異。按舉證責任，可分主觀舉證責任與客觀舉證責任。前者指當事人一方，為免於敗訴，就有爭執之事實，有向法院提出證據之行為責任；後者指法院於審理最後階段，要件事實存否仍屬不明時，法院假定其事實存在或不存在，所生對當事人不利益之結果責任。本法於撤銷訴訟或其他維護公益之訴訟，明定法院應依職權調查證據，故當事人並無主觀舉證責任。然職權調查證據有其限度，仍不免有要件事實不明之情形，故仍有客觀之舉證責任。至其餘訴訟，當事人仍有提出證據之主觀舉證責任，爰規定除本法有規定者外，民事訴訟法第277 條之規定於本節準用之。」從立法理由觀察，其判定行政訴訟是否有舉證責任的問題，端以該訴訟類型是否涉及公益為斷，像撤銷訴訟或其他維護公益的訴訟，因有公益色彩，法律乃明文規定法院負有調查證據的職責，故當事人並無主觀的舉證責任（按其定義係指證據提出責任），應由法院依職權調查可以證明訟爭事實的證據。反之，若不具有公益性質，例如與民事訴訟法相同的確認及給付訴訟，則仍有證據提出責任。惟不管是    否為有關公益性質的訴訟，亦無論是否採行職權調查主義，其證據的調查不免時有所盡，要件事實真偽不明的情形仍有可能發生，故需有客觀的舉證責任，為此乃規定本法仍準用民事訴訟法第277 條。

綜上，太極門案中89年台北市國稅局給台北市市調處的函，函文中自己承認國稅局核定的內容性質及金額，都是抄台北市市調處的。其顯然未盡職權調查主義之精神，課稅處分顯有得撤銷之瑕疵，畢竟「稅捐機關所做任何處分，務必有完整且確切的事證做依據。而納稅義務人提起行政救濟的主張及依據，稅捐機關也應進一步查核並做准駁說明，不可以單憑其他機關（如調查局、刑事局、檢察官起訴書）所提片面事證，未經查核，卻仍做出不利納稅人的處分。」「檢察官起訴書，僅可做為參考，不可作為認定企業取得非實際交易對象發票的證據，稅捐處對這類案件需提出更具體的證據。」此有最高行政法院89年判字第2554號及87年判字第239 號判決之事實及意旨可資參照。而就太極門案後續行政救濟程序中，主管機關未盡舉證責任，法院未依職權調查證據，事實認定與其他年度相較，有違論理及經驗法則，更是自不待言。