因應武漢肺炎疫情持續擴散，中央流行疫情指揮中心宣布：自 109 年 2 月 10 日起，小三通客運船班將停航，陸委會也會研議暫停大三通，停止基隆港、台北港等到中國的客船。

陸委會表示，考量疫情已邁入高峰期，中國 2 月 7 日已宣布 80 個城市封城，實施「封閉式管理」，而中央流行疫情指揮中心 2 月 4 日也決議「入境前 14 天曾停靠中港澳地區港口的郵輪，不得停靠我國港口」，並宣布自 2 月 6 日起「國際郵輪禁止靠泊我國港口」、自 2 月 10 日起「暫停小三通客運船舶往來」，因此經綜合考量防疫需要，進一步決定自 2 月 10 日起暫停兩岸海運客運直航，並將由交通部依規定處理後續事宜。

陸委會主委陳明通解釋，基於防疫優先，現在是「停客不停貨」，停止客運，但貨運仍繼續正常運作。因應目前在中國的金馬澎民眾返鄉需要，相關措施將於 10 日起生效，暫停兩岸海運客運直航航線及航班，後續復航將視疫情狀況再評估。

至於空運方面，交通部航政司司長葉協隆表示，2 月 10 日起至 4 月 29 日，兩岸客運班機，僅剩北京、上海、廈門、成都、港澳可往返，所有旅客經中國、香港及澳門「轉機」入境台灣者，一律需居家檢疫兩週。【記者  黎明曉整理報導】