針對檢方10月31日起訴遠雄董事長趙藤雄一案，台北市長柯文哲11月1日在市府召開記者會，他表示非常感謝司法單位，證明市府在大巨蛋案上的堅持是對的，市府會繼續堅持一個合法、安全的立場，爭取權益。

遠雄集團創辦人趙藤雄涉大巨蛋等五大弊案，北檢起訴趙藤雄等31人，趙藤雄遭起訴求刑24年，也爆出大巨蛋當初的公安、議約可能也有問題，大巨蛋後續發展成為焦點。對此柯文哲說明台北市府立場，從他上任以來，在大巨蛋案一直堅持公平正義、公開透明原則，也承擔前任市府所留下來的困難，沒有任何逃避。不管外界如何批評，甚至影響民調，市府團隊都沒有妥協，堅持到現在。

市府仍然強調大巨蛋必須是安全的大巨蛋，因此在104年5月20日時，市府因遠雄公司未按圖施工，依法勒令停工，至今遠雄僅能因工地安全問題進行報備施工，停工也經過訴願委員會、監察院、行政法院之判決， 市府的勒令停工是合法的。在大巨蛋的安全上，市府是堅持的。台北市政府仍然會站在公平正義的立場，替市民爭回應有之權利，不讓市民的權益受損。

法務局長袁秀慧表示，修約一直在工作清單上，沒有進行下去的主因為勒令停工後，當時契約有可能不會再往下走，因此停止修約，既然遠雄現在已送建照相關程序，修約會開始啟動，與檢方起訴與否較無關聯。權利金是修約談判過程中重要的點，金額也會再重新計算，到底是多少、權利金應該多少才是合理?這些都會再重新計算後，跟遠雄啟動議約程序。

柯文哲再次聲明，他反對複雜的政商關係，不是反商仇富，要安全合法、公平正義的價值，努力促進台北市的經濟發展，明顯有問題的還是要堅持。他強調，不要把大巨蛋變成政治事件處理，這只是起訴，並不是定讞，我們希望台灣是司法公正的國家，朝向公平正義前進，在處理大巨蛋事情，作為負責任的政府還是要克制，不是要操作民粹順勢解約。這件事也是給台灣社會的反省，做生意有賺就好，不要太貪，如果當時大巨蛋蓋三棟，容留足夠空間，財務也會平衡，那今天早就高高興興開幕了。【記者 蔡青芸整理報導】