法醫研究之科學鑑定若要涵括所有相關鑑識範疇，並升格成為國家科學研究院等級，更應該獨立超然於政府機關之外。但現在卻要直接放在法務部底下，更要獨攬所有的司法鑑定，如同球員兼裁判，若實驗室鑑定結果、認證證照等等，全集中在法務部手裡定奪，將缺乏鑑識公正獨立的超然性，未來訴訟案件的證據鑑定結果，顯然都由法務部一把抓，法院的判決到底要「掐圓？捏扁？」，恐怕也是由法務部說了算。

法醫研究所之前就曾陸續爆發出鑑定不實的爭議，一位孕婦李亦芳產後死亡案，當事人家屬控訴法醫研究所作偽證，卻被法院以「非直接當事人」駁回而不受理，讓做出不實鑑識報告的法醫逃過了究責，事實上，我國刑法168條偽證罪的構成要件，須鑑定人有「具結」(簽名)的情形下，才能成罪，而我國法律對鑑定人所出具的鑑定書，沒有必須具結(簽名)的規定，所以鑑定人縱使有虛偽陳訴，只要沒有具結(簽名)，依法還是無法以偽證罪來論處。但鑑定書的內容卻足以決定他人在法律上的責任，江國慶案就因法醫出具不實的報告而冤死。所以鑑定書作為法院論罪的重要證據，當然要力求呈現事實真相，若鑑定確有不實，是否有具結就不應作為成罪的要件，才能落實法律正義。

我國近年行政權介入司法權甚深，讓人民對法院的信任度更低，若將執掌司法鑑定權責的「國家司法科學研究院」納於行政部門(法務部)下，又再擴大法醫鑑定範圍，包含了刑事鑑識等所有犯罪相關的科學鑑識，獨占所有犯罪鑑識環節的單位，其獨立性與公正性，更難以令社會大眾信服，司法信任度只有更低。所以學者建議，若真要成立司法科學研究院，應該將司法科學研究院變成第三方公正獨立單位，鑑定書可由民間或公家鑑定單位出具，而司法科學研究院要負責的則是「犯罪科學鑑定方法強化與研究」，而非目前規劃的最終司法鑑定權，否則將不利於真實的發現。

前立法委員賴香伶指出，要建立獨立行使職權的「國家司法科學研究院」，其中委員會應包括人權、心理、法律、電腦醫學、刑事鑑定科學等專業領域者，且對政策教育認證等都有相當層級以上，才能真正強化司法發現真實的能力，可參考美國德州司法科學委員會，拉高其層級，獨立在行政院底下，而非在法務部轄下。

實則將法醫研究所升級為國家司法科學研究院，不但立法、籌備過程冗長，也膨脹人事經費，且緩不濟急，倒不如直接修改刑法168條，直接將「具結」的要件拿掉，只要鑑定人員確有不實的鑑定事實，即可構成偽證罪，不僅保障奉公守法的鑑定人員，更可讓司法證據的正確性獲得確立。