日前侯寬仁任法務部廉政署副署長時報名角逐檢察長遴選，最終未入圍。他想當檢察長的消息一傳出就惹議，民眾紛紛投書媒體批評：「失職檢察官竟要晉升檢察長？」、「慎選懸缺之檢察長，寧缺勿濫。」當時法界人士甚至呼籲，勿讓侯寬仁當檢察長，否則帶壞司法風氣。

侯寬仁因曾偵辦過「周人蔘電玩」、「太極門」、「馬英九特別費」等案名噪一時，但「馬英九特別費」案遭法務部認定「筆錄嚴重失實」，及多個案件涉違失而踢到鐵板，民國97年及99年的考績都獲乙等，直到民進黨執政才又獲重用當廉政署副署長。

侯寬仁擔任台北地檢署檢察官偵辦太極門案時，有更多的違法手段而引起非議，很多法界的學者專家直到現在還是對他批判不已，有位前大法官甚至批評他沒有足夠的人權觀念，更不照正當程序來偵辦案件。

太極門案義務辯護律師蔡富強因長年累月參與太極門案訴訟，深知內情，劈頭就說：「這是無中生有的冤案，整整在台北地院、台灣高等法院跟最高法院的審判過程花了10年3個月，一審獲判無罪，二審也無罪，三審駁回檢察官上訴，無罪確定，證明這就是一個鐵錚錚的、血淋淋的冤案。」

當初被侯寬仁羈押的4個太極門被告都獲得冤獄賠償，掌門人洪石和被羈押159天，獲賠償金63萬6千元；其妻子游美容被羈押155天，獲賠償金62萬元；弟子陳調欣被羈押116天，獲賠46萬4千元、弟子彭麗娟被羈押40天，獲賠12萬元。

濫權羈押、違反偵查不公開、脅迫取供跟濫權枉法起訴，都涉及刑事犯罪，法務部依法應把濫權違法的檢察官送法辦，蔡富強斥因官官相護，檢察官絕不會去起訴檢察官濫權訴追；如此明確的脅迫取供，卷內記錄也都有記載，高檢署竟然說，等太極門刑事判決確定以後再說。蔡富強不解這跟刑事判決確定有什麼關係？他質疑，檢察官違反偵查不公開，且脅迫取供是強制罪，是妨礙自由，這都是實質犯罪行為，檢察官的個人犯罪行為，跟太極門的案件被告有罪無罪有什麼關係？

嚴辦他人卻輕放自己人，侯寬仁的偵辦行為已經涉及踩到法律紅線，還洩漏了國防以外的機密罪，蔡富強說明，洩漏偵查過程中所查到的甚至是不實的訊息：「竟還把不實的訊息散佈給媒體，這個還涉及妨害名譽的誹謗罪！」此外，他還表示侯寬仁把被告陳調欣的妻子關在拘留室裡，涉犯強制罪、妨礙自由：「想利用她來逼迫陳調欣做不實的口供，這是脅迫取供。不管是強制罪、妨礙自由，或脅迫取供，都是犯罪行為。」

蔡律師強調，法律有所謂的無罪推定，在法院還沒有判決確定之前，任何人都只能當做嫌疑人而已，不能夠直接就認定他是犯罪者，像太極門案更是如此的惡行，造成對人民權利的侵害：「整個偵辦過程中，完全荒腔走板。」辦別人的時候就是雷厲風聲，辦自己人的時候就是遮遮掩掩、欲蓋彌彰。檢察官負責訴追犯罪，卻官官相護，帶頭包庇檢察官，不能正己，何以正人？