輔仁大學企管系兼任助理教授魏賜聰指出，太極門案侯寬仁犯行重大，違反科學辦案，辦案素行不良、不知反省改正、從不道歉，是不適任檢察官，應該被淘汰。他進一步指出，侯寬仁於91年3月被監察院調查，犯有八項重大缺失，要求法務部對他從嚴究責議處，法務部卻以超過10年懲戒期就呼嚨過去，把台灣的法律當兒戲。

前台大法學院副院長邱榮舉表示，從憲法、人權、法理情來探討台灣檢察制度，應該拔擢績優、保障人權、人品很好的，而績效不良有問題的人應該被淘汰，而且要嚴懲，不應該黑白顛倒、不明不白！

真理大學法律系副教授吳景欽表示，現任廉政署副署長侯寬仁，過去被媒體捧為「司法藍波」，從他過去辦的大案，如周人蔘案或是太極門案件，都違反偵查不公開原則，甚至太極門案還公開偵查細節，連最基本的法律原則都沒有遵守；他更涉及筆錄不實，在訊問被告時，有誘導及逼供問題，亦受到監察院糾正，顯現缺乏專業。案件經過10年無罪確定，但侯寬仁卻沒有受到懲處

新竹市議員田雅芳指出，監察院依職權糾正，但面對侯寬仁檢察官有不符證據法則、濫權違法等多項缺失，寶劍出鞘，法務部卻未予懲處，眼睜睜令司法道德淪陷為迫害人民之利刃。在檢察官濫權，監察體系無作為之下，台灣冤獄賠償法已令台灣賠了十幾億，卻不見有違失的檢察官為其負責。