一、第一次權利保護與第二次權利保護─以行政訴訟法第12條規範為核心：

1. 第一次權利保護與第二次權利保護之理論背景：公法上之權利保護，學理上分成第一次權利保護與第二次權利保護，前者係人民訴請撤銷除去違法之行政行為（行政處分），此乃行政爭訟之問題；後者則是請求填補該違法行為所生之損害，即國家賠償之問題。因此就前者而言，人民之權利遭受公權力之侵害，而訴請行政法院審查公權力行為是否合法，如公權力行為不合法，即由行政法院撤銷之，學理上稱之為第一次權利保護，此種權利乃係基於憲法第16條之人民訴訟權保障。人民在行使第一次權利保護後，若仍有損害，得依憲法第24條及國家賠償法之規定，向普通法院提起國家賠償之訴，學理上稱之為第二次權利保護。由於我國採取司法二元制度，同一基礎事實所衍生之民、刑事訴訟及行政訴訟分由普通法院及行政法院審理，對於事實認定之歧異，如非屬先決問題者，應由不同之受訴法院互相尊重對方所認定之事實[1]，如屬先決問題者，則應依訴訟法上有關停止審判之規定辦理[2]，其以行政處分是否無效或違法為據者，應由認定先決事實之行政法院先為裁判後，以該確定裁判所認定之事實作為普通法院裁判時認定事實之依據，此在由民事法院所審判之國家賠償事件尤具有重要意義。

2. 第一次權利保護優先原則在我國法制之規範及衍生問題：我國現行國家賠償法雖未強制規定，但行政訴訟法第12條則規定，民事訴訟（國家賠償訴訟即為其典型）或刑事訴訟之裁判，以行政處分是否無效或違法為據者，應依行政爭訟程序確定之。前項行政爭訟程序已經開始者，於其程序確定前，民事或刑事法院應停止其審判程序。可知此一規定在立法意旨上，應已確立了第一次權利保護優先之方向，但在規範面上，卻又欠缺對「行政法院就行政處分無效或違法擁有優先判斷權或專屬管轄權」之明文確認[3]。換言之，當事人若怠於或遲延提起行政爭訟，以撤銷或確認違法或無效之行政處分時，其可否請求第二次權利保護（即國家賠償）？普通法院此時可否認定行政處分之違法性？再者，所謂「應依行政爭訟程序確定之」之具體運用，究應強制當事人提起或由普通法院移送、應提起何種訴訟類型等爭議問題，立法者似有意不為詳細規定而留待學說實務發展[4]。對此吳庚教授指出，我國既非採奧地利法制（即行政法院就行政處分無效或違法擁有優先判斷權或專屬管轄權），而係採德國法制，即以行政處分合法性成為訴訟標的，並經行政法院判決確定者，普通法院應受其拘束，但若未經行政法院裁判者，就立法意旨而言，普通法院應自行判斷[5]。惟理論上，我國係採行司法二元制度之國家，為防止行政法院與普通法院對同一事件（行使公權力行為之行政處分是否違法）見解發生歧異，因此要求因行政處分而受有損害之當事人，有義務先於公權力行為合法性監督之第一次權利保護程序中，防禦或排除此一侵害。故因可歸責之事由，而怠於或遲延請求第一次權利保護者，即不得再請求第二次權利保護。否則違法行政處分之受害人，不經行政爭訟，皆得於國家賠償法第8條第1項規定之2年或5年的消滅時效期間內，請求國家賠償，則提起行政爭訟之期間限制將形同虛設。而為了緩和第一次權利保護優先原則對人民國家賠償請求權的限制，若請求國家賠償或提起民事訴訟之當事人，主張構成先決問題之行政處分為無效，或於得提起訴願期間內，因執行完畢或因其他事由而消滅，當事人亦無從在訴願期限內請求撤銷（即未遲誤第一次權利保護）者，普通法院應依行政訴訟法第12條第2項及民事訴訟法第182條之精神，以裁定「停止」審判程序，待當事人依行政訴訟法第6條第1項規定，提起確認行政處分為無效或違法之訴訟，於判決確定後，再據以裁判[6]。只是當事人依行政訴訟法第6條第1項規定，提起確認行政處分為無效或違法之訴訟，自得依同法第7條規定，合併請求損害賠償，而畢其功於一役，毋庸再進行國家賠償訴訟。

3. 第一次權利保護優先原則在我國實務上之運用：昔日的實務見解普遍認為行政處分有效存在者，雖內容有不當或違法，但在未依行政爭訟程序撤銷之前，普通法院不能否認其效力。蓋行政處分有無違法，應否撤銷，係訴願及行政訴訟問題，普通法院不能加以審查。因此行政處分在未被依法撤銷前，普通法院不能認定行政機關之行為違法而負國家賠償責任[7]，但普通法院在實務上自行判斷行政處分之違法性者（另參見司法院釋字第290號解釋），亦甚為普遍‍[8]。而在新制行政訴訟法第12條完成立法後，實務上已普遍接受民事或刑事訴訟之裁判，以行政處分是否無效或違法為據者，應依行政爭訟程序確定之，此一行政爭訟程序已經開始者，於其程序確定前，民事或刑事法院應停止其審判程序[9]。但若當事人就構成先決問題之行政處分尚未提起行政爭訟，而已另行提起民事訴訟時，此時是否仍貫徹第一次權利保護優先原則，最高行政法院95年度判字第253號判決認為此時民事法院審判長應依民事訴訟法第199條第2項規定行使闡明權，曉諭當事人就前開行政處分是否無效或違法，先依行政爭訟程序確定之，俾防止不同法院裁判結果互相牴觸之情形發生。惟若行政處分之合法性本身即為民事事件之訴訟標的，且未經行政法院判斷者，基於法律就該違法行政處分而生之損害賠償等事項，賦予民事法院審判權之本旨，民事法院就該行政處分合法與否應自行判斷，如當事人就該事件已向普通法院起訴，嗣再起訴請求行政法院確認該行政處分為違法，應認欠缺確認利益‍[10]。故實務上認為行政訴訟法第12條並非第一次權利保護優先原則之強行規定。至多是當事人就構成先決問題之行政處分尚未提起行政爭訟，而另行提起民事訴訟時，民事法院審判長應依民事訴訟法第199條第2項規定行使闡明權[11]，曉諭當事人就前開行政處分是否無效或違法，先依行政爭訟程序確定之。若當事人已表明不循行政爭訟程序請求救濟，或捨棄該行政程序救濟之途，而選擇逕行提起民事訴訟請求國家賠償者，民事法院固不能否認該行政處分之效力，但仍得審查行政處分之合法性。蓋國家賠償法既未有特別之限制，自不能因另有第一次權利保護之途逕，而要求權利受侵害之人民必先提起行政救濟[12]。惟此時人民若已逾越行政救濟期間，針對因行政處分所生之國家賠償，縱令普通法院直接認定行政處分之違法性，受理國家賠償訴訟，此時理論上亦得以受害人怠於提起行政爭訟，對於損害之發生與擴大與有過失，減輕國家賠償責任[13]。

二、第一次權利保護原則之例外：

  1. 人民因事實行為所受之侵害原則上與第一次權利保護原則之適用無涉；惟值得注意的是，多數的國家賠償事件係因事實行為（參見國家賠償法第3條）所引起，除非因事實行為所受之侵害尚有回復原狀之可能，而得提起行政訴訟法第8條一般給付訴訟排除其侵害，否則此時自須直接依國家賠償法於協議不成後提起國家賠償訴訟，而無提起行政訴訟之可能，自與是否有第一次權利保護原則之適用無涉。

  2. 行政處分雖經判決確定，惟諸如具有新事證但難以提起再審者。例如最高行政法院108年度判字第56號判決即指出，經行政法院實體確定判決予以維持之行政處分，因得依再審程序謀求救濟，自不在依申請重新進行行政程序之列，「惟如無從依再審程序救濟者，解釋上，亦當容許其申請重新進行行政程序」。其案例事實涉及所謂的新證據，因屬人證，無法提起行政訴訟再審之訴（按依行政訴訟法第273條第1項第13款及第14款僅限證物，其分別規定「當事人發現未經斟酌之證物或得使用該證物。但以如經斟酌可受較有利益之判決為限」及「原判決就足以影響於判決之重要證物漏未斟酌」），故僅得申請重開行政程序。基於同一法理，類此情形民事法院於國家賠償事件亦得自行判斷行政處分違法性，甚或非因可歸責事由而逾再審期間，但具有新事證者，亦應由民事法院判斷之。畢竟其至未逾國家賠償之請求權時效，且既係新事證，即未直接動搖原行政法院判決之既判力。