肆、太極門案凸顯行政訴訟再審之困境
一、冤罪的原點
太極門案的原點，乃源於當時法務部的所謂宗教掃黑政策，但此政策所為何來、又有何目的，至今仍無法清楚得知。只是讓人不解的是，原本最該謹守中立與客觀的檢察官，卻配合此不知所以的政策，而開始進行犯罪訴追，尤其是承辦太極門案的檢察官侯寬仁，僅憑藉毫無可信性的所謂線報，即大舉搜索道場，並立即在媒體散佈與營造太極門即是邪教的標籤。更扯的是，其竟還上媒體大肆宣揚與展示所謂的犯罪證據，以塑造司法英雄、司法鐵漢的形象。原來，台灣最不遵守偵查不公開者，竟是最懂法律的檢察官，實顯得相當諷刺。
當然，檢方離譜的行徑還不止於此，先押人再取供不說，更想盡各種辦法來恐嚇、脅迫太極門弟子為不實陳述，目的只為入師父於罪。如此的作為，不僅視法律於物，更是對人權的嚴重踐踏。而既然檢察官已經認定，被告犯有刑事上的詐欺及故意以不正方法逃漏稅之罪，卻仍將相關資料移給稅捐機關來要求課稅，這就讓人更加狐疑。因若屬刑事不法所得，乃必須以沒收方式為之，怎還會有課稅的問題？如此絕對不能兩立的手段，乃屬最基本的法律知識，檢察官何有不懂之理？若明知卻仍要求國稅局課徵，實已將檢察官濫用公器的行徑推向極致。
二、無罪確定無以究責
而在太極門案的刑事訴訟，經過十年的奮戰，好不容易獲得無罪判決確定後，欲追究檢察官的濫權追訴罪，卻又得面臨困境。這是因現行的司法實務，認為刑事獲無罪確定的被告，竟非濫權訴追罪的被害人，而否定其得提起告訴與自訴之權。如此荒謬的見解，只突顯出司法體系自我防護、自我掩飾的弊端。而在刑事究責不能，僅剩下行政懲處的手段時，又得受限於法定十年的懲戒時效，只是在我國審判期間動輒超過十年下，如此的懲戒時效，無異是對司法人員違法濫權行為的保護傘，而於太極門案裡顯露無遺。
三、稅務訴訟持續至今
在太極門案的刑事訴訟，經過十年的奮戰，好不容易獲得無罪判決確定(註4)。但令人難以接受的是，原該告一段落的太極門冤罪案，卻因國稅局認定敬師禮金非贈與，而是具有對價關係的補習費，致使此案又陷入另一場的長期訴訟。而由於人民提起行政訴訟，行政法院往往站在行政機關之一方，人民勝訴的機率一直偏低，就算行政法院撤銷行政處分，但在鮮少自為判決的情況下，稅捐機關仍可再行重查，並為相同的處分，又使人民得再提起訴訟，而陷入起訴、撤銷、重查的循環，也是太極門案纏訟至今的主因。
此外，在基於國稅局所提供的錯誤事實下，也有判決原告敗訴確定者，但面對如此的誤判，卻又面臨聲請再審的重重困境。
四、聲請再審的障礙
（一）新證據的浮現不易
由於稅務訴訟，是人民在對抗國家，且在政府機關擁有資訊專屬優勢下，當事人欲完整取得政府資訊，實有相當大的困難。更遑論，主管機關可能的隱匿證據。尤其在現行制度，並無當事人聲請再審，可為相關卷證的閱卷下，這種資訊掌握的不對等，實更屬嚴重。
（二）公務員的實質影響力
而更不能排除的是，只要主管的官員層級越高，且仍在其位，所有可能翻轉案件的新證據，就不可能浮現。只有在此等官員卸下職位多年後，才可能因實質影響力的喪失而曝光。這也是聲請再審，往往得等待時日的主因。
（三）再審的法定限制
依據行政訴訟法第 273 條第1項第 13 款，當事人發現未經斟酌之證物或得使用該證物，即所謂新事證，司法實務一向排除判決確定後始發生之新證據，此既為法條所無，也侵害人民的訴訟權。
（四）道德風險
而目前聲請再審，還得面臨以下的道德風險：
1.增加審判者負擔：由於一旦開啟重新審判，仍是由原先的法官為審理，這必然會增加司法者的負擔。
2.前審法官無庸迴避：關於曾參與前審判決的法官，若再接到再審案件，實應為迴避。惟依據實務的解釋，卻認為無庸迴避，若果如此，就很難期待，再審有任何翻轉的機會。
故在上述的道德風險下，實已注定聲請再審的難度。
五、再審聲請的期間限制絕對違憲
而與刑事訴訟無期間限制不同，依據行政訴訟法第276條第4項，行政訴訟的再審聲請期間，限定為判決確定後五年內。如此的限制，實剝奪了人民的救濟權。尤其很多證據，掌握在行政機關手中，致很難被發現，只有在主事者卸下公職後，這些證據才可能出現，如此的五年限制，不啻在掩飾行政不法。
更何況，很多必須藉由新的科學技術，才足以翻轉案件的可能性，也會因此五年限制而喪失。也因此，此五年的限制，乃完全為減少法院負擔而設，卻肯定是與憲法的比例性原則有所違背。
伍、再審不應由原有司法機關為審查(代結論)
故對於現行再審的五年期間限制，實不應存在。更重要的是，再審是向既有的司法機關為聲請，在無法消除道德風險的情況下，也應有所轉變。而事實上，已有諸多國家，於司法機關之外，另設由外部人員所組成的再審委員會，以來接受聲請與審查。如此的機構，既無司法包袱，也不會有維護司法門面的考量，且一旦決定開啟重審，還是回到司法機關來處理，也因此會降低承接此案法官的壓力。故於司法機關之外，另設立中立的再審委員會，實才是長遠之計。
(註4)在刑事的無罪判決裡，雖針對被告是否觸犯故意以不正方法逃漏稅罪，進行相當深入且實質的調查，但因其內容，比較多的篇幅，是在描述不該當詐術的行為手段、也不屬於故意，但對於是否必須繳稅，卻又有某種程度的模糊性，致讓稅務機關有相當大的解釋空間，並因此造成漫長且折磨人民的稅災。