媒體報導，在政黨輪替後，特偵組就迅速將前總統馬英九涉及的三大弊案全都簽結，讓立院民進黨團決定提案廢除特偵組。邱太三部長答覆民進黨立委書面質詢時，做出廢特偵組的主張，提出5大廢除理由，並要求法務部提出說帖，建請立法院下個會期提案修法廢除特偵組，9月開議排入議程後，最快在10月，特偵組將走入歷史。

民進黨立委蔡易餘書面質詢行政院長林全，指出最高檢依法設立特偵組，特偵組由檢察總長掌握人事權，又欠缺完整監督機制，致使特偵組掌權過大，且當時立法未考量《刑事訴訟法》正當程序，導致訴訟程序紊亂，易有政治力介入偵查的疑慮，因此要求行政院針對廢除特偵組研擬法案提案，解決特偵組組織爭議問題。

法務部答復蔡易餘質詢的說帖，直接表明建議立法院修法，刪除法院組織法第六十三條之一，讓特偵組退場，解決檢察體系疊床架屋的問題，並提出廢除特偵組的五大理由包括：影響檢察機關內部監督機制；違反行政法上機關與職務不兩立原則；概括條款明訂特偵組事務管轄、違反法律明確性原則；檢察官據有司法屬性、無設置特偵組必要；違反再議程序及案件管考制度等。

時代力量立法院黨團總召徐永明在社群網站臉書發文表示：廢除特偵組是司法改革第一步，檢察體系全面改革才會覺得新政府醒著。未來特偵組廢除後，法務部要加強各地方檢察署的功能，並在署內設立專業檢察官室，專責從事黑金犯罪的偵查及追訴。【記者 陳亦真整理報導】