林鈺雄博士著作《刑事訴訟法》一書明確指出，「刑法存在的目的雖然是追訴犯罪，但也不容許國家以不問是非、不計代價、不擇手段的方式達成目的」。但是從周人蔘案、太極門案、馬英九案、雲林廢土案的起訴過程中，不難發現侯寬仁檢察官的辦案手法與偵查手段，幾近林鈺雄博士所言，為達目的，以「不問是非、不計代價、不擇手段的方式」濫權追訴或起訴。
我國監察院是為針對公務員違法失職進行彈劾糾舉、糾正或督促檢討改善等功能而設立。面對侯寬仁檢察官濫權違法歷歷，監察院的尚方寶劍有何作為？
屢屢濫權重大違失檢察官 卻僅申誡小懲示警？
陳長文教授曾以《防冤獄 尚方寶劍何時出鞘？》一文指出監察院與文官整飭的不作為，我國冤獄賠償法已立法50年，國庫總共賠付了十幾億，但政府卻未對因故意或重大過失導致冤獄的公務員進行求償，民國98年第一次求償卻是對一位讓犯人多坐數天冤牢的監獄管理員。他認為檢察官應謹慎起訴，法官明確判案，更能防範、減少冤獄發生；應落實冤獄求償與刑法的「濫權（不）追訴罪」等，究責失職司法檢調人員，但因官官相護，從未落實，從沒有法官或檢察官因濫權（不）追訴或冤獄被起訴或被求償。
監察院91年主動調查侯寬仁偵辦太極門案過程疏失，指出檢察官侯寬仁偵辦太極門案，涉有八大違失，並函請法務部依法從嚴究責，並懲處侯寬仁。監察院也將太極門案選列為重大人權保障案件，並明確表示，起訴書與證據資料存有扞格矛盾，據以提起公訴，不符證據法則。依法根本不能提起公訴。侯寬仁在接受監院調查時，也自己承認，只依證人片面陳述就加以認定，並未調查，所以起訴書根本無效，更不能作為課稅依據。然侯寬仁竟在起訴書中將同一筆捏造不實的金額，一面認定為詐欺犯罪所得，要求法院沒收，一面又認定為補習班學費及營業收入，移送國稅局課稅重罰！如果是詐欺非法所得，依法就要沒收，根本沒有課稅問題；如果是補習班學費或營業收入，才需課稅，而不能予以沒收，兩種所得性質根本不能並存。侯寬仁自我打臉、互相矛盾的起訴書，完全被刑事三審級法院否決，最後判決確定無詐欺(沒有非法所得)、無漏稅(不是補習班學費及營業收入)、無違反稅捐稽徵法，沒有任何欠稅。然違反邏輯且矛盾不實的違法起訴書，竟令太極門師徒虛耗心神與人力物力於稅務冤案長達24年，迄今更違法拍賣強行沒收洪掌門人為其弟子修行所購置的土地。檢察官的濫權，影響之深遠，害人匪淺，不可不慎。
雖監察院函請法務部從嚴究責議處侯寬仁，但官官相護結果，致使重重拿起，卻輕輕放下，致無辜的被告冤屈難伸。
99年法務部發函高等檢察署，羅列太極門案、雲林縣廢土案、馬英九特別費案並詳述調查意見，指出「侯寬仁檢察官歷年承辦上開案件，辦案程序均有欠嚴謹，未能遵守正當法律程序，甚且涉有疏失」，請高等檢察署就侯寬仁上述疏失，一併追究行政責任，並將懲處結果回報法務部。但高檢署竟自行召開考績會審議決定要不要懲處侯寬仁，而非依法務部指示直接追究責任與懲處，高檢署荒謬懲處決議如下：
一、 馬英九案：訊問證人吳麗洳及製作筆錄過程有違失，高檢署考績會認同侯寬仁檢察官的答辯意見，所以不處分，但是因為該案多份判決書中仍有不合規定之處，所以決議「發命令使之注意」予以處分。等於口頭形式上警告。
二、 太極門氣功養生學會案：未能妥適指揮調查員，訊後任由調查員將關係人王雲英送往地下室，由值勤法警接收後送至候保室，致王雲英人身自由遭到限制，即使違法失職行為有疏失，但因已逾10年公務員懲戒時效，所以免議。
三、 雲林縣廢土棄置場弊案：偵辦訊問被告張隆生時，使其「產生心理威嚇壓力」及「笑謔怒罵」之意，侯寬仁向考績會聲稱，絕無上述情事，只承認有不當訊問，才引起誤會，願意虛心接受指正，誠意反省改進，避免再有類似用語。最後考績會投票過半數，又僅以「發命令使之注意」懲處。
高檢署將懲處結果回報法務部後，法務部隨即召開檢察官人事審議委員會議，僅決議更改馬英九特別費案違失部分懲處，改記侯寬仁申誡1次。
辦案屢屢違法犯紀的侯寬仁檢察官，迫害眾多百姓生命、財產、人權至深，受害人數超過上萬人；雖監察院發文法務部究責嚴懲，但因官官相護，僅輕描淡寫遭記申誡一次，如今竟又高升廉政署副署長，實在令人無法苟同，更令人質疑到底是誰在包庇侯寬仁？為什麼其以公權力侵害人權證據確鑿，情節重大，還能繼續升官發財？如果維護正義的法務部與捍衛人權的監察院，屢屢輕縱玩法弄法、迫害人權的濫權公職人員，將使違法的司法人員有恃無恐，台灣司法界道德蕩然無存！台灣的未來，還有希望嗎？【記者 許妮台北報導】
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