荷蘭生技公司總監Yin-Chun Liu論述太極門案的歷史背景。
 

「太極門案是台灣施行轉型正義的失敗案例。」台灣實踐大學教授蔡政安也參與了這次ISSR雙年會議，他提出聯合國對轉型正義的定義，就是民主國家努力恢復過往被威權政府剝奪的人權；但台灣的《促進轉型正義條例》卻限縮1992年以前的侵犯人權行為，才符合轉型正義範圍，明顯就是威權政體常有的「協商或自我閹割式」的轉型正義。而1996年台灣政府對少數宗教心靈團體迫害事件，證實了即使解嚴之後，台灣仍存在嚴重侵犯人權的行為。

蔡政安指出，另有兩個威權遺毒因素阻礙台灣進行轉型正義，且都在太極門案中可明確發現並證實。一是「法律和稅務官僚威權制度」：台灣長期普遍存在稅捐機關位高權重甚於納稅人權的陋習，因此稅務行政訴訟，納稅者勝訴率僅6%，且稅單也沒撤銷，只是送回稅務機關修改數字而已。而財政部發布逾9,500個「解釋函令」，有些根本與法律牴觸，卻仍被法院引用來判決。另一個是「威權遺毒下難反貪腐」：雖然台灣當局經常承諾要打擊貪腐，但威權時期遺留的獎金問題，使其難以落實，特別是國稅局和行政執行署聯手執行稅單時，不管對錯都能領到獎勵金，更助長貪腐行為，完全符合「貪腐組織結構論」的具體案例。

會議最後，台灣、歐洲、美國與加拿大的學者們一致認為，台灣在國際上民主聲譽良好，但太極門案懸而未決已成為民主汙點，民主國家也存在有宗教或信仰自由問題。許多專家學者也強調，某些民主國家通常以騷擾和歧視方式迫害少數心靈團體，雖不像極權主義政權經常用酷刑和處決的方式，但是一個不尊重宗教或信仰自由的民主國家，可能會很容易淪落成為極權主義。