一、行政訴訟確定判決何以拘束行政機關的自我審查？
按行政程序法第117條係行政機關對違法行政處分之自行撤銷權，實務上向來認為並非謂人民對行政機關有此請求權，是否撤銷，行政機關得為裁量，縱使人民依據該條規定為請求，亦僅發動行政機關為裁量而已[1]。尤其是實務上向來認為行政處分如經司法實體判決，應尊重實體判決之既判力，不宜再由行政機關依行政程序法第117條職權撤銷致破壞實體判決之既判力。蓋行政程序法第117條核其立法意旨係因基於依法行政之原則，行政機關本應依職權撒銷違法之行政處分，即使該處分已發生形式上之確定力，亦然。惟行政處分如經司法實體判決，則應尊重實體判決之既判力，不宜再由行政機關依職權撤銷致破壞實體判決之既判力[2]。實務上進一步認為違法行政處分於法定救濟期間經過前，行政處分相對人或利害關係人得對違法行政處分提起行政爭訟請求撤銷，於法定救濟期間經過後，如許其有得請求原處分機關或其上級機關撤銷之公法上權利，則訴願法上之提起訴願及行政訴訟法上之起訴法定不變期間，即失其意義[3]。惟實務見解對確定判決之既判力一方面恐係「無限上綱」，另一方面事實或法律狀態之變更又從嚴解釋，致行政處分如經司法實體判決，再由行政機關依行政程序法第117條職權撤銷者，幾未之見。畢竟行政法院之確定判決，對被告機關而言，在撤銷訴訟係課以其不得重為被撤銷之行政處分，並未限制被告機關廢棄原負擔處分。
再者，行政程序法第128條第1項所稱「於法定救濟期間經過後」，實務上係採限縮見解，其係指行政處分之相對人或利害關係人於法定救濟期間內，未依法定之救濟程序請求撤銷、廢止或變更，致該行政處分發生形式之存續力而言。故當事人已依法提起訴願或行政訴訟，即發生阻斷原行政處分確定之效果，自應循該救濟程序救濟（包括再審程序），並無適用行政程序法第128條規定申請撤銷、廢止或變更原行政處分之餘地[4]。按實務見解主要是認為若於法定救濟期間內，曾對行政處分循序提起撤銷訴訟，經行政法院以實體判決駁回其訴確定者，訴訟標的於確定之終局判決中經裁判者，其實體之權利義務關係即告確定（參見行政訴訟法第213條），原則上，當事人不得以該確定判決事件終結前所提出或得提出而未提出訴之其他攻擊防禦方法，於新訴訟為與該確定判決意旨相反之主張，法院亦不得為反於該確定判決意旨之裁判，僅於具備行政訴訟法第 273 條第 1 項、第 2 項規定之再審事由，並符合相關規定的要件時，始例外容許當事人另循行政訴訟再審程序請求救濟。如果經行政法院實體確定判決維持之行政處分，當事人得再依行政程序法第 128 條規定申請重開行政程序，不但造成特別救濟程序的重複，治絲益棼外，亦與判決既判力相牴觸[5]。惟行政程序法第128條第1項但書卻又出現「未在先前之行政程序或法律救濟程序中，主張所據以申請程序重新進行之事由」，立法原意似強調已進行法律救濟程序者亦不得排除其得申請重新進行行政程序[6]。學理上亦多認為只要是已不得請求撤銷之行政處分，無論其是否曾提起行政救濟，皆得申請重新進行行政程序[7]。
惟實務上普遍仍如最高行政法院109年度判字第628號判決所稱：「現關於已經確定之行政處分有再經斟酌之可能者，分別於稅捐稽徵法第28條請求退稅、行政程序法之程序重開、訴願法之訴願再審、行政訴訟法之再審等程序，各有其准許擾動法安定性重啟程序尋求翻易已確定處分之立法目的及要件。就已經行政訴訟實體審究而確定之行政處分而言，在訴訟法所特有之既判力規制下，唯有先以再審程序推翻既判力，方有回復各該訴訟程序續對行政處分之違法性進行審查之可能」。
二、對行政訴訟確定判決應得申請行政程序重新進行之理由
儘管實務上亦曾出現折衷見解，最高行政法院108年度判字第56號判決即指出，經行政法院實體確定判決予以維持之行政處分，因得依再審程序謀求救濟，自不在依申請重新進行行政程序之列，「惟如無從依再審程序救濟者，解釋上，亦當容許其申請重新進行行政程序」。蓋其案例事實涉及所謂的新證據，因屬人證，無法提起行政訴訟再審之訴（按依行政訴訟法第273條第1項第13款及第14款僅限證物，其分別規定「當事人發現未經斟酌之證物或得使用該證物。但以如經斟酌可受較有利益之判決為限」及「原判決就足以影響於判決之重要證物漏未斟酌」），故僅得申請重開行政程序。惟仍未解決行政訴訟確定判決無法申請行政程序重新進行的種種不合理現象。
更為根本的問題係涉及所謂「新證據」的認定，這得由刑事訴訟法再審制度之變革談起。按刑事訴訟法關於再審的規定，最重要的是第420條第1項第6款，其於104年1月23日修法前係規定「因發現確實之新證據，足認受有罪判決之人應受無罪、免訴、免刑或輕於原判決所認罪名之判決者」。但鑒於當時實務受最高法院35年特抗字第21號判例、28年抗字第8號判例；及50年台抗字第104號判例、49年台抗字第72號判例、41年台抗字第1號判例、40年台抗字第2號判例及32年抗字第113號判例拘束，創設出「新規性」及「確實性」之要件，將本款規定解釋為「原事實審法院判決當時已經存在，然法院於判決前未經發現而不及調查斟酌，至其後始發現者」且必須使再審法院得到足以動搖原確定判決而為有利受判決人之判決無合理可疑的確切心證，始足當之。此所增加限制不僅毫無合理性，亦無必要，更對人民受憲法保障依循再審途徑推翻錯誤定罪判決之基本權利，增加法律所無之限制，而違法律保留原則。再審制度之目的既在發現真實並追求具體之公平正義，以調和法律之安定與真相之發見，自不得獨厚法安定性而忘卻正義之追求。上開判例創設之新規性、確實性要件，使錯誤定罪判決之受害者無從據事實審法院判決當時尚不存在或尚未發現之新證據聲請再審，顯已對受錯誤定罪之人循再審程序獲得救濟之權利，增加法律所無之限制。故104年1月23日修正為「因發現新事實或新證據，單獨或與先前之證據綜合判斷，足認受有罪判決之人應受無罪、免訴、免刑或輕於原判決所認罪名之判決者」，並增訂第3項規定「第1項第6款之新事實或新證據，指判決確定前已存在或成立而未及調查斟酌，及判決確定後始存在或成立之事實、證據」。其立法理由略謂「再審制度之目的在發現真實並追求具體公平正義之實現，為求真實之發見，避免冤獄，對於確定判決以有再審事由而重新開始審理，攸關被告權益影響甚鉅，故除現行規定所列舉之新證據外，若有確實之新事實存在，不論單獨或與先前之證據綜合判斷，合理相信足以動搖原確定判決，使受有罪判決之人應受無罪、免訴、免刑或輕於原判決所認罪名之判決，應即得開啟再審程序。爰參酌德國刑事訴訟法第359條第5款之立法例，修正原條文第1項第6款之規定。並新增第3項關於新事實及新證據之定義，指判決確定前已存在或成立而未及調查斟酌，及判決確定後始存在或成立之事實、證據，單獨或與先前之證據綜合判斷，足認受有罪判決之人應受無罪、免訴、免刑或輕於原判決所認罪名之判決者。
上述刑事訴訟法降低再審門檻之制度變革，對行政訴訟再審及行政程序重新進行之實務則無影響，例如最高行政法院105年度判字第68號判決即稱「刑事訴訟法第420條再審事由修正草案，該條第2項固修正為關於第1項第6款之新事實或新證據，係指判決確定前已存在或成立而未及調查斟酌，及判決確定後始存在或成立之事實、證據。惟刑事訴訟與行政訴訟原各有不同之再審事由，且與行政程序重開有別，尚難比附援引」；最高行政法院107年度判字第679號判決亦稱「最高法院104年度第5次刑事庭會議(一)決議，係因刑事訴訟法第420條第1項第6款之再審事由業經修正，並針對該款所稱之「新事實或新證據」，增訂同條第3項規定予以定義，乃以該院75年台上字第7151號、50年台抗字第104號、49年台抗字第72號、41年台抗字第1號、40年台抗字第2號、35年特抗字第21號、28年抗字第8號等7則刑事判例已不合時宜為由，而決議不再援用。惟行政程序法第128條第1項第2款所定之申請程序重開事由，則迄未經修正，自難以比附援引。是上訴人主張原判決未察其援引本院99年度判字第1161號判決意旨係沿襲刑事訴訟再審事由之判例見解而來，而該刑事判例業經最高法院104年度第5次刑事庭會議(一)決議不再援 用，則原判決以行政程序法第128條第1項第2款所稱之「新事實或新證據」，須於「89年度綜合所得稅之補稅及罰鍰處分作成後及救濟程序終結時即已存在」之認定，有判決適用 法規不當之違法云云，容有誤會」。
惟行政程序法第128條第4項已於110年1月20日增訂「新證據，指處分作成前已存在或成立而未及調查斟酌，及處分作成後始存在或成立之證據」。其立法理由略謂：「依民國84年行政院函請立法院審議之「行政程序法草案」總說明，以及後續立法過程，立法者從未就系爭規定中第2款之「新證據」，是否必須限於「作成行政處分之時業已存在，惟未經斟酌」之情形有所討論或爭執，此有相關文書可稽。惟依現行實務適用系爭規定時，多以改制前行政法院69年判字第736號判例針對行政訴訟再審事由所闡釋之見解，將系爭規定中之「發現新證據」，限縮於「作成行政處分之時業已存在，但未經斟酌」之範圍，並不包括「作成行政處分後始發現之證據」，顯已增加法文所無之限制。鑑於系爭規定之立法目的既係為加強對人民權利之保護，確保行政之合法性，是凡足以推翻或動搖原行政處分所據以作成事實基礎之證據，皆應屬系爭規定「發現新證據」之適用範圍，自應包括「於行政處分作成後始存在或成立之證據」在內，此始合於前揭所敘之立法目的，然實務所增加法文所無之限制，並無助於加強對人民權利之保護以及確保行政之合法、正當，且導致諸多案件無法獲得法院救濟，實有違反法律保留原則及憲法保障訴訟權之虞。是為落實立法本旨，乃將系爭規定中「新證據」之範圍明示之，以求杜絕爭議，確保人民權利之實現」。
故行政程序重新進行之新證據係指凡發現可以證明事實之存否或真偽之證據均屬之，且指處分作成前已存在或成立而未及調查斟酌，及處分作成後始存在或成立之證據。乃基於本條立法目的既係為加強對人民權利之保護，確保行政之合法性，是凡足以推翻或動搖原行政處分所據以作成事實基礎之證據，皆應屬系爭規定「發現新證據」之適用範圍，自應包括「於行政處分作成後始存在或成立之證據」在內。而此種新證據證明原行政處分之違法性，所涉及者應係「撤銷違法行政處分」之問題，自亦得作為依行政程序法第117條自行撤銷的請求權基礎。
準此，在行政訴訟再審事由之「發現新證據」之適用範圍，仍不包括「於判決作成後始存在或成立之證據」時，最高行政法院108年度判字第56號判決所稱「惟如無從依再審程序救濟者，解釋上，亦當容許其申請重新進行行政程序」即有適用空間。尤其甚者，畢竟行政法院之確定判決，對被告機關而言，在撤銷訴訟係課以其不得重為被撤銷之行政處分，並未限制被告機關廢棄原負擔處分。尤其甚者，對行政法院之確定判決提起再審，縱令行政法院開啟再審而原告有理由者，除非行政法院自為判決，否則撤銷原行政處分，仍令原處分機關為適法處分者，自不若由原處分機關直接行政程序重新進行或依行政程序法第117條自行撤銷，得以減少人民的訟累。
[1] 參見最高行政法院98年度判字第1440號判決。又確定判決之既判力，僅及於事實審行政法院言詞辯論終結時之法律及事實狀態，其後之事實或法律狀態如有變更，即非該確定判決之既判力所及。參見臺北高等行政法院100年度訴字第1835號判決。
[2] 參見最高行政法院98年裁字第3303號裁定；法務部民國108年3月25日法律字第 10803504460 號、108年2月13日法律字第10803500840 號函、107 年 9 月5 日法律字第 10703513200號函及102年 8月23日法律字第10203508870號函。
[3] 參見最高行政法院100年度判字第1302號判決。。
[4] 參見最高行政法院95年度判字第1809號判決、99年度判字第1016號判決。
[5] 參見最高行政法院107年度判字第597號判決、
[6] 但最高行政法院100年度判字第2163號判決則認為實務上採已進行法律救濟程序者，即不得申請重新進行行政程序之解釋，固與行政程序法第128條第1項但書「未能在行政程序或救濟程序中主張其事由者」之文義未盡相符，惟為防止濫訴及避免存續力與既判力之衝突，目前實務上對行政程序法第128條之限縮性解釋，仍較文義性解釋更能符合程序重開之立法意旨及規範目的，尚無違反目的性解釋之原則。
[7] 相關整理參見詹鎮榮，行政程序重新進行之程序標的─我國與德國法制之比較，東吳法律學報，第23卷第1期，2011年7月，第115頁以下。