輔仁大學法律學院教務副院長兼法律學系主任吳志光表示，人民行政救濟案件確定後，如果認為只能提再審，無法依行政程序法第128條要求行政程序重開，這對人民權益影響相當大；因為即使再審獲得有利的判決，但很少自為判決，最多是撤另處，要求原處分機關另為適法處分；這是拖延人民獲得有效救濟的時間。他認為，讓人民可以免去訴訟直接找原處分機關審酌，在時間與效益上對人民比較妥適。太極門案件救濟，如果實務見解改變，可以依行政程序法第128條，要求原機關重新自我審酌，而且新事證是原來行政救濟沒有審過，無法作為再審的條件，更應有行政程序重開的機會。
金石國際法律事務所所長林石猛律師指出，太極門冤案平反15年，到現在違法的稅捐處分還未撤銷，萬年稅單的問題就是癥結所在，很遺憾近期行政院訴願法修正草案並沒有解決萬年稅單的問題。老百姓不怕政府做錯事，最怕死不認錯，而讓人民的權利一直受侵害！財政部國稅局還不願意放下違法稅單，甚至拍賣太極門財產，既然我們號稱自由、民主、法治國家，怎麼可以留下欠缺租稅正義的稅案？冤稅案應該要平反！
中華民國會計師公會全國聯合會榮譽理事長/前立法委員羅淑蕾表示，太極門案件是一個最典型對人權、對宗教團體迫害的案件，起因就是侯寬仁檢察官濫權，在辦案過程中有八大違法，仍然一直升官，沒有懲罰，也沒有退場機制，這就是現在問題的所在。整個案件前後矛盾，錯誤百出，國稅局自始至终不認錯。已經二十幾年，該還給太極門公道與清白！
前臺灣基隆地方法院庭長陳志祥律師表示，法官對於處理過的案件有成見，不能再處理，如果擔任過前一審的法官，法律規定要迴避。太極門案本質是刑案、稅案的宗教迫害案件，違反兩公約規定，行政機關依據行政程序法第117條就可解決，卻以再審訴訟五年期限來阻其救濟之路，然而國家的錯誤應該糾正，不應有時間限制。